Deux bibliothèques ont été distinguées : la bibliothèque personnelle (celle de la formation, celle de la maturité) et les bibliothèques fréquentées par Foucault.
La bibliothèque personnelle
Si un relevé précis de la bibliothèque dans le domicile de Foucault a pu être mené photographiquement, une seconde étape consistera à en faire un inventaire exhaustif.
Les bibliothèques extérieures
L'enquête a porté sur les lieux bien connus du travail foucaldien (la Bibliothèque nationale) mais aussi d'autres moins connus comme celle de l'ENS rue d'Ulm, la Bibliothèque sainte Geneviève à Paris ou encore la Bibliothèque Walleriana de l'Université d'Uppsala en Suède.
Différentes méthodes ont été développées pour traquer le travail de Foucault dans ces institutions : analyse des registres d'entrées, fiches d'emprunt, étude des bibliographies de travail, et enfin, confrontation entre la bibliographie du chercheur et les catalogues et inventaires des bibliothèques concernées.
